นครรัฐวาติกันเป็นประเทศอิสระที่มีขนาดเล็กที่สุดในโลก สถาปนาขึ้นในค.ศ. ๑๙๒๙ มีสันตะปาปาเป็นประมุขที่มีอำนาจเด็ดขาดทั้งในด้านการบริหารนิติบัญญัติ และตุลาการ แม้ว่านครรัฐวาติกันจะมีประชากรไม่ถึง ๑,๐๐๐ คน แต่สันตะปาปาประมุขของรัฐก็ทรงเป็นผู้นำทางจิตวิญญาณ และมีอิทธิพลอย่างสูงต่อผู้นับถือคริสต์ศาสนานิกายโรมันคาทอลิกทั่วโลกนับพันล้านคน
     นครรัฐวาติกันในปัจจุบันเป็นส่วนที่คงเหลืออยู่ของรัฐสันตะปาปา (PapalState) ซึ่งเป็นดินแดนกว้างใหญ่ใต้การปกครองของสันตะปาปาที่มีอำนาจทั้งทางศาสนจักรและอาณาจักร สันตะปาปาเริ่มมีบทบาทตั้งแต่ช่วงต้นของคริสต์ศตวรรษที่๔ เมื่อจักรวรรดิโรมัน (Roman Empire) ยอมรับคริสต์ศาสนา อีกทั้งเมื่อศูนย์กลางของอำนาจของจักรวรรดิโรมันตะวันตกได้ย้ายไปยังกรุงคอนสแตนติโนเปิลใน ค.ศ. ๓๓๐ มีผลให้ภาคตะวันตกของจักรวรรดิเสื่อมโทรมลง และบรรดาบิชอปในดินแดนส่วนนี้มีหน้าที่และอิทธิพลทางด้านการเมืองและการบริหารเพิ่มขึ้นเรื่อย ๆนอกเหนือจากอิทธิพลทางด้านศาสนา สันตะปาปาซึ่งขณะนั้นเป็นบิชอปแห่งโรมด้วยก็ทรงมีอิทธิพลมากขึ้นเช่นกัน โดยเฉพาะอย่างยิ่งหลังจากจักรวรรดิโรมันตะวันตกเสื่อมสลายลงใน ค.ศ. ๔๗๖ และยุโรปเข้าสู่สมัยกลาง (Middle Ages) นั้นสันตะปาปาเริ่มมีบทบาทมากขึ้นในการเป็นผู้นำทางสังคมและจิตใจของคริสต์ศาสนิกชนและมีฐานะเป็นเสมือนประมุขรัฐองค์หนึ่งในคาบสมุทรอิตาลี นอกจากนี้คำประกาศใน ค.ศ. ๓๒๑ ของจักรพรรดิคอนสแตนติน (Constantine ค.ศ. ๓๐๓-๓๓๗) ว่าโบสถ์คริสต์ศาสนาสามารถครอบครองทรัพย์สินและสืบมรดกได้เช่นเดียวกับคนธรรมดาหรือตระกูล ทำให้ทรัพย์สินและดินแดนที่มีผู้ถวายให้โบสถ์และสันตะปาปาทบทวีขึ้นเป็นลำดับ เมื่อถึงสมัยราชวงศ์คาโรลินเจียน (Carolingian)สันตะปาปาก็ได้รับการยอมรับว่าเป็นประมุขฝ่ายศาสนจักร อีกทั้งพระเจ้าเปแปงร่างเตี้ย (P”pin the Short ค.ศ. ๗๕๑-๗๖๘) และจักรพรรดิชาร์เลอมาญ
     (Charlemagne ค.ศ. ๘๐๐-๘๑๔) พระราชโอรสก็ทำการปราบแว่นแคว้นที่เป็นศัตรูของสันตะปาปาและถวายที่ดินให้พระองค์ จนในที่สุดสันตะปาปาก็สามารถขยายอาณาเขตจนครอบคลุมดินแดนส่วนกลางของคาบสมุทรอิตาลี จากทะเลเอเดรียติกทางด้านตะวันออกไปจนจดทะเลติร์เรเนียน (Tyrrhenian) ทางด้านตะวันตกรวมเนื้อที่กว่า ๔๔,๐๐๐ ตารางกิโลเมตร และมีพลเมืองมากกว่า ๓ ล้านคนในคริสต์ศตวรรษที่ ๑๙
     ในขณะที่คริสตจักรเรืองอำนาจในสมัยกลางนั้น สันตะปาปาทุกพระองค์ทรงประทับ ณพระราชวังลาเทอรัน (Lateran Palace) ซึ่งตั้งอยู่ในบริเวณกรุงโรมต่อมาในปลายคริสต์ศตวรรษที่ ๑๓ เมื่อกษัตริย์ประเทศต่าง ๆ สามารถตั้งตนเป็นใหญ่และจัดตั้งรัฐประชาชาติ(nation state) ได้อำนาจของสันตะปาปาก็ถูกทำลายและความขัดแย้งระหว่างสันตะปาปากับกษัตริย์ก็ทวีขึ้น ใน ค.ศ. ๑๓๐๓ พระเจ้าฟิลิปผู้ยุติธรรม (Philip the Fair ค.ศ. ๑๒๘๕-๑๓๑๔) แห่งฝรั่งเศส ได้ส่งทหารเข้าจับกุมสันตะปาปาบอนนิเฟซที่ ๘ (Bonniface VIII ค.ศ. ๑๒๙๔-๑๓๐๓) ไปคุมขังซึ่งถือเป็นการสิ้นสุดของสมัยการเรืองอำนาจของสันตะปาปาในสมัยกลาง ระหว่างค.ศ. ๑๓๐๕-๑๓๗๘ สันตะปาปาทุกพระองค์เป็นชาวฝรั่งเศส และถูกกษัตริย์ฝรั่งเศส บีบบังคับให้พำนักที่เมืองอาวีญง (Avignon) บนฝั่งแม่น้ำโรน (Rhône) ในฝรั่งเศส การเป็นนักโทษในเมืองอาวีญงของสันตะปาปาหรือที่เรียกว่า “การคุมขัง ณกรุงบาบิโลน” (The Babylonian Captivity) ได้ทำลายเกียรติภูมิของสถาบันสันตะปาปาเป็นอันมาก เพราะตำแหน่งประมุขของคริสตจักรกลายเป็นตำแหน่งที่ฝรั่งเศส มีอำนาจควบคุม ซึ่งทำให้บรรดาประเทศอื่น ๆ ที่เป็นศัตรูของฝรั่งเศส อันได้แก่อังกฤษและจักรวรรดิโรมันอันศักดิ์สิทธิ์ (Holy Roman Empire) ต่อต้านสันตะปาปาแห่งเมืองอาวีญง
     ใน ค.ศ. ๑๓๗๘ สันตะปาปาเกเกอรีที่ ๑๑ (Gregory XI ค.ศ. ๑๓๗๐-๑๓๘๐)ทรงพยายามจะย้ายที่ทำการสันตะปาปากลับไปยังกรุงโรม แต่พระองค์ก็ด่วนสิ้นพระชนม์ในกรุงโรมนั่นเอง และก่อให้เกิด “มหาศาสนเภท“ (The Great Schism)กล่าวคือ วิกฤตการณ์เริ่มต้นขึ้นเมื่อฝูงชนชาวอิตาลี ได้กดดันให้เลือกตั้งสันตะปาปาที่เป็นชาวอิตาลี ผลของการเลือกตั้งทำให้คาร์ดินัลชาวฝรั่งเศส ไม่พอใจและเดินทางกลับ ต่อมาก็ได้เลือกสันตะปาปาชาวฝรั่งเศส เป็นประมุขของคริสตจักรที่เมืองอาวีญง ก่อให้เกิดสันตะปาปา ๒ สำนัก ๒ พระองค์ขึ้นมา และต่างก็ประกาศ
     บัพพาชนียกรรม (excommunicate) ซึ่งกันและกัน จึงเป็นที่มาของการเกิดมหาศาสนเภทซึ่งกินระยะเวลาระหว่าง ค.ศ. ๑๓๗๘-๑๔๑๗ ระหว่างนั้นก็มีการประชุมสภาศาสนาที่เมืองปีซา (Pisa) และเลือกสันตะปาปาพระองค์ใหม่ขึ้นใน ค.ศ. ๑๔๐๙แต่สันตะปาปา ณ กรุงโรมและเมืองอาวีญงต่างไม่ยอมออกจากตำแหน่ง ทำให้เกิดสันตะปาปา ๓ สำนักซึ่งสร้างความสับสนให้แก่คริสต์ศาสนิกชนมากยิ่งขึ้น มหาศาสนเภทยุติลงด้วยมติของสภาศาสนาที่เมืองคอนสแตนซ์ (Constance) ในค.ศ. ๑๔๑๗ ซึ่งจัดการประชุมขึ้นตามพระราชโองการของจักรพรรดิแห่งจักรวรรดิโรมันอันศักดิ์สิทธิ์ ที่ประชุมได้เลือกสันตะปาปาพระองค์ใหม่คือสันตะปาปามาร์ตินที่ ๕ (Martin V ค.ศ. ๑๔๑๗-๑๔๓๑) เป็นประมุขแต่เพียงพระองค์เดียว นับแต่นั้นเป็นต้นมา สันตะปาปาก็เริ่มการปฏิรูปองค์กรคริสตจักรให้กลับมามีอำนาจและอิทธิพลดังเดิม รวมทั้งการเข้าไปมีอิทธิพลในดินแดนส่วนกลางของอิตาลี หรือรัฐสันตะปาปาอย่างแท้จริง
     ขณะเดียวกัน ในการฟื้นฟูพระเกียรติยศของสันตะปาปาก็ได้มีการปรับปรุงพระราชวังวาติกันให้มีความสง่างามสมกับเป็นที่ประทับของสันตะปาปาองค์ประมุขของคริสตจักร เนื่องจากพระราชวังลาเทอรันได้ถูกละทิ้งไปเป็นเวลากว่า ๗๐ ปีในช่วงการคุมขัง ณ กรุงบาบิโลนจนชำรุดทรุดโทรม สันตะปาปาทรงเลือกพระราชวังวาติกันเป็นที่ประทับถาวรแทน พระราชวังวาติกันตั้งอยู่ทางทิศเหนือของโบสถ์เซนต์ปีเตอร์ ไม่มีหลักฐานแน่ชัดว่าพระราชวังแห่งนี้สร้างขึ้นในสมัยใด แต่เชื่อกันว่าน่าจะเริ่มสร้างในสมัยสันตะปาปาซิมมาคัส (Sysmmacas ค.ศ. ๔๙๘-๕๑๔) โดยในขั้นแรกตั้งพระทัยที่จะให้เป็นที่พักอาศัยง่าย ๆ สำหรับมาประทับในช่วงที่มีพิธีการที่โบสถ์เซนต์ปีเตอร์ ในคริสต์ศตวรรษที่ ๑๕ ได้มีการต่อเติมทั้งตัวอาคารและการตกแต่งภายในของพระราชวังวาติกันและบริเวณรอบ ๆ โดยเฉพาะนับแต่สมัยสันตะปาปาซิกซ์ตัสที่ ๔ (Sixtus IV ค.ศ. ๑๔๗๑-๑๔๘๔) เป็นต้นไป สันตะปาปาองค์ต่อ ๆ มาต่างชื่นชอบศิลปะของยุคฟื้นฟูศิลปวิทยาการ (Renaissance) ที่กำหนดรูปแบบของงานศิลปกรรมและสถาปั ตยกรรมให้มีความงดงามอลังการ ต่อมาในค.ศ. ๑๕๐๖ สันตะปาปาจูเลียสที่ ๒ (Julius II ค.ศ. ๑๕๐๓-๑๕๑๓) ก็ทรงมีบัญชาให้สร้างโบสถ์เซนต์ปีเตอร์ขึ้นใหม่ซึ่งใช้เวลากว่า ๑๗๖ ปีจึงแล้วเสร็จ โดยมีความวิิจตรงดงามทั้งภายนอกและภายในซึ่งสร้างความสง่างามให้แก่บริเวณที่เป็นที่ตั้งของนครรัฐวาติกันให้เป็น “อาณาจักรอันศักดิ์สิทธิ์ ”(The Holy See) ในเวลาต่อมาอย่าง
     แท้จริง สันตะปาปาเกือบทุกพระองค์ก็ประทับอยู่ ณพระราชวังวาติกัน (ยกเว้นช่วงปลายคริสต์ศตวรรษที่ ๑๖ ถึงกลางคริสต์ศตวรรษที่ ๑๗) และมีการเสริมสร้างต่อเติมทั้งตัวอาคารและการตกแต่งภายใน โดยระดมสถาปนิกและศิลปินที่โดดเด่นของแต่ละยุคสมัยทำงานจนพระราชวังมีขนาดใหญ่โตมโหฬารและงดงามดังปรากฏในปัจจุบัน
     ตอนกลางคริสต์ศตวรรษที่ ๑๙ รัฐต่าง ๆ ในคาบสมุทรอิตาลี เคลื่อนไหวเพื่อรวมชาติอิตาลี สันตะปาปาไพอัสที่ ๙ (Piux IX ค.ศ. ๑๘๔๖-๑๘๗๘) ทรงเป็นความหวังของชาติอิตาลี ในการเป็นผู้นำการรวมชาติ แต่พระองค์ทรงกลับวางตัวเป็นกลางและเสด็จลี้ภัยออกจากกรุงโรมเพราะไม่ต้องการให้ชาวอิตาลี ต่อสู้กับออสเตรีย ที่เป็นมหาอำนาจคาทอลิก เคานต์คามิลโลดีคาวัวร์ (Camillo di Cavour)อัครมหาเสนาบดีแห่งราชอาณาจักรปีดมอนต์-ซาดีเนีย (Piedmont-Sardinia) จึงเห็นเป็นโอกาสดำเนินนโยบายทางการเมืองให้ราชอาณาจักรปี ดมอนต์-ซาดีเนียมีบทบาทสำคัญในการรวมชาติจนสามารถจัดตั้งราชอาณาจักรอิตาลี ขึ้นได้สำเร็จในค.ศ. ๑๘๖๑ หลังการรวมชาติ รัฐสันตะปาปาซึ่งขณะนั้นครอบครองดินแดนถึง ๑ใน ๓ ของคาบสมุทรอิตาลี ได้จัดให้มีการลงประชามติเกี่ยวกับเรื่องนี้ ผลปรากฏว่าประชาชนเลือกที่จะรวมเข้ากับราชอาณาจักรอิตาลี ดินแดนในความปกครองของสันตะปาปาจึงเหลือเพียงกรุงโรมซึ่งได้รับการปกปักรักษาจากกองทหารฝรั่งเศส อย่างไรก็ดีเมื่อเกิดสงครามฝรั่งเศส -ปรัสเซีย (Franco-Prussian War ค.ศ. ๑๘๗๐-๑๘๗๑) ขึ้นใน ค.ศ. ๑๘๗๐ กองทหารฝรั่งเศส ต้องถอนตัวออกจากกรุงโรม กองทัพของพระเจ้าวิกเตอร์ เอมมานูเอลที่ ๒ (Victor Emmanuel II ค.ศ. ๑๘๖๑-๑๘๗๘)ก็เข้ายึดกรุงโรมได้เป็นผลสำเร็จ และในต้น ค.ศ. ๑๘๗๑ ก็มีการย้ายเมืองหลวงของราชอาณาจักรอิตาลี จากฟลอเรนซ์มายังกรุงโรม
     สันตะปาปาไพอัสที่ ๙ ทรงเห็นว่าการกระทำดังกล่าวของรัฐบาลอิตาลี เป็นเรื่องไม่ถูกต้องชอบธรรม จึงประท้วงด้วยการไม่ยอมให้ความร่วมมือใด ๆ กับรัฐบาลและจำกัดบริเวณพระองค์เองอยู่แต่ภายในพระราชวังวาติกันเท่านั้นสันตะปาปาองค์ต่อ ๆ มาอีก ๔ องค์ก็ดำเนินการประท้วงเช่นเดียวกันนี้ต่อมารวมทั้งสิ้นเป็นเวลาถึง ๕๙ ปีและเรียกตนเองว่า “นักโทษแห่งวาติกัน” ภาวการณ์ดังกล่าวสร้างความอึดอัดใจให้กับรัฐบาลและประชาชนอิตาลี ตลอดจนคริสต์
     ศาสนิกชนคาทอลิกทั่วโลกเป็นอย่างมาก ทั้งยังเป็นอุปสรรคสำคัญในการสร้างความเป็นปึกแผ่นมั่นคงของราชอาณาจักรอิตาลี ที่เพิ่งเกิดใหม่อีกด้วย
     ในทศวรรษ ๑๙๒๐ เบนีโต มุสโสลีนี (Benito Mussolini) ผู้นำรัฐบาลฟาสซิสต์ของอิตาลี ในขณะนั้นได้พยายามคลี่คลายความขัดแย้งซึ่งเรียกกันว่าปัญหากรุงโรม (Roman Question) ที่ยึดเยื้อมาเป็นเวลานาน โดยโน้มน้าวให้สันตะปาปาไพอัสที่ ๑๑ (Pius XI ค.ศ. ๑๙๒๒-๑๙๓๙) ทรงยินยอมเปิดการเจรจากับรัฐบาลเมื่อวันที่ ๔ ตุลาคม ค.ศ. ๑๙๒๖ การเจรจาดำเนินไปเป็นเวลา ๒ ปีจึงบรรลุข้อตกลง มุสโสลีนีในฐานะผู้แทนของพระเจ้าวิกเตอร์ เอมมานูเอลที่ ๒ กับคาร์ดินัลปีเอโตร กัสปารี(Pietro Gaspari) ผู้แทนองค์สันตะปาปา ได้ร่วมลงนามในสนธิสัญญาลาเทอรัน (Lateran Treaty) เมื่อวันที่ ๑๑ กุมภาพันธ์ ค.ศ. ๑๙๒๙และต่อมาได้มีการให้สัตยาบันเมื่อวันที่ ๗ มิถุนายน ปี เดียวกัน
     สนธิสัญญาลาเทอรันหรือที่เรียกกันว่า ความตกลงระหว่างสันตะปาปากับรัฐบาล ค.ศ. ๑๙๒๙ (Concordat 1929) นอกจากจะกำหนดให้รัฐบาลอิตาลี จ่ายค่าทดแทนให้แก่คริสต์ศาสนจักรโรมันคาทอลิกเป็นจำนวน ๑,๗๕๐ ล้านลีร์เพื่อเป็นการชดเชยสำหรับดินแดนที่สันตะปาปาต้องสูญเสียไปเมื่อมีการรวมชาติอิตาลี ในค.ศ. ๑๘๗๐ ยังให้การรับรองสถานภาพของนครรัฐวาติกันว่าเป็นประเทศอิสระที่มีอำนาจอธิปไตยโดยสมบูรณ์ รวมทั้งกำหนดความสัมพันธ์ระหว่างประเทศอิตาลี กับคริสต์ศาสนจักรโรมันคาทอลิกไว้อย่างชัดเจนด้วย หลังการให้สัตยาบันสนธิสัญญานี้แล้ว รัฐบาลอิตาลี ก็ชำระค่าชดเชยเป็นเงินสดจำนวน ๗๕๐ ล้านลีร์ ส่วนที่เหลืออีก ๑ พันล้านลีร์ชำระเป็นพันธบัตรรัฐบาลชนิดมีดอกเบี้ยร้อยละ ๕ นอกจากนี้ยังซ่อมสร้างถนนสายที่ทอดจากโบสถ์เซนต์ปีเตอร์ไปยังกรุงโรม และให้ชื่อว่า ถนนแห่งการประนีประนอม (La Via della Conciliazione)
     ตามสนธิสัญญาลาเทอรัน รัฐบาลอิตาลี ยังยินยอมให้สิทธิสภาพนอกอาณาเขตและยกเว้นภาษีให้แก่บริเวณและสถานที่ ๑๓ แห่ง ซึ่งมีทั้งโบสถ์ วัง ที่พักอาศัยอาคารที่ทำการ และสถาบันการศึกษา เกือบทั้งหมดตั้งอยู่ในกรุงโรมยกเว้นปราสาทกันดอร์โฟ (Castel Gandorfo) ที่ประทับฤดูร้อนของสันตะปาปา ซึ่งตั้งอยู่บนเนินอัลบัน(Alban Hills) ห่างจากกรุงโรมประมาณ ๒๐ กิโลเมตร สถานที่เหล่านี้บางแห่งมีป้ายสัญลักษณ์ประจำตำแหน่งสันตะปาปารูปมงกุฏสันตะปาปาเหนือกุญแจไขว้เป็นรูปกากบาทติดไว้ที่ด้านหน้าให้สังเกตเห็นได้
     อย่างไรก็ดี ความสัมพันธ์ระหว่างนครรัฐวาติกันกับรัฐบาลฟาสซิสต์ก็มิได้ดำเนินไปอย่างราบรื่นนัก ใน ค.ศ. ๑๙๓๑ อิตาลี ได้สั่งยุบองค์กรเยาวชนคาทอลิกต่าง ๆ ต่อมาใน ค.ศ. ๑๙๓๓ สันตะปาปาไพอัสที่ ๑๑ ทรงพยายามจะสร้างไมตรีและประนีประนอมกับรัฐบาลนาซีเยอรมันซึ่งเป็นมิตรกับอิตาลี โดยตกลงลงนามในความตกลงระหว่างสันตะปาปากับรัฐบาล ค.ศ. ๑๙๓๓ (Concordat 1933) ซึ่งขณะนั้นมีนโยบายต่อต้านสถาบันศาสนาเพราะถือว่าเป็นคู่แข่งทางการเมืองที่สามารถดึงดูดความจงรักภักดีของประชาชนที่มีต่อรัฐไปได้ ในเวลาอันสั้น รัฐบาลนาซีเยอรมันก็เริ่มละเมิดข้อตกลงและเข้าแทรกแซงการทำงานของคริสตจักรในด้านต่าง ๆ ซึ่งทำให้สันตะปาปาไพอัสที่ ๑๑ ทรงประกาศประณามรัฐบาลนาซีเยอรมัน ในระหว่างสงครามโลกครั้งที่ ๒ (Second World War) แม้เยอรมนี ยังคงดำเนินมาตรการต่อต้านคริสตจักร แต่อาณาจักรอันศักดิ์สิทธิ์ ก็ดำเนินนโยบายเป็นกลางและไม่ยอมเข้ากับฝ่ายอิตาลี ที่ปรับเปลี่ยนนโยบายและเข้ารบเป็นฝ่ายเยอรมนี ใน ค.ศ. ๑๙๔๐ ต่อมาในเดือนกันยายน ค.ศ. ๑๙๔๓ เมื่อเยอรมนี เข้ายึดครองกรุงโรม เจ้าหน้าที่นครรัฐวาติกันและคริสต์ศาสนิกชนต่างพยายามป้องกันความเสียหายของนครรัฐวาติกันจากคู่สงคราม ในปลายสงครามใน ค.ศ. ๑๙๔๕ เจ้าหน้าที่ระดับสูงของอาณาจักรอันศักดิ์สิทธิ์พยายามที่จะโน้มน้าวให้เยอรมนี และญี่ปุ่นยอมแพ้แต่ล้มเหลว
     หลังสงครามโลกครั้งที่ ๒ นครรัฐวาติกันก็เริ่มดำเนินนโยบายสร้างความปรองดองและประนีประนอมกับสังคมฝ่ายฆราวาสยิ่งขึ้น ในทศวรรษ ๑๙๕๐สันตะปาปาไพอัสที่ ๑๒ (Pius XII ค.ศ. ๑๙๓๙-๑๙๕๘) ทรงยอมรับแนวคิดและความเจริญก้าวหน้าทางวิทยาศาสตร์และเทคโนโลยีสมัยใหม่กับการใช้ชีวิตประจำวันของคริสต์ศาสนิกชนและคริสตจักร ต่อมาใน ค.ศ. ๑๙๘๔ คริสตจักรก็ประสบความสำเร็จในการทำความตกลงระหว่างสันตะปาปากับรัฐบาลอิตาลี ในการปรับแก้ข้อตกลงในสนธิสัญญาต่าง ๆ ก่อนหน้านี้ ที่สำคัญคือ รัฐบาลอิตาลี ยอมรับให้นิกายโรมันคาทอลิกเป็นศาสนาประจำชาติอิตาลี ในเดือนมกราคม ค.ศ. ๑๙๘๔อาณาจักรอันศักดิ์สิทธิ์ ก็ประสบความสำเร็จในการฟื้นฟู และสร้างสัมพันธ์ทางการทู ตกับรัฐบาลสหรัฐอเมริกาหลังจากที่ตัดขาดความสัมพันธ์กันไปใน ค.ศ. ๑๘๖๗ นับแต่ทศวรรษ ๑๙๙๐ เป็นต้นมา นครรัฐวาติกันก็พยายามเข้าไปมีบทบาททางการเมืองระหว่างประเทศมากยิ่งขึ้น มีการทำข้อตกลงเบื้องต้นกับรัฐบาลอิสราเอล และสันตะปาปาจอห์น ปอลที่ ๒ (John Paul II ค.ศ. ๑๙๗๘-๒๐๐๕) ก็เสด็จเยือน
     ประเทศต่าง ๆ และทรงมีบทบาทสำคัญในการแก้ไขปัญหาความขัดแย้งทางการเมืองระหว่างขบวนการโซล์ดาริตี (Solidarity กับรัฐบาลโปแลนด์ ในปลายทศวรรษ๑๙๘๐ นอกจากนี้มีการปรับแก้กฎเกณฑ์ต่าง ๆ ของคริสตจักรให้มีความยืดหยุ่นมากขึ้นเพื่อก้าวให้ทันโลกในยุคโลกาภิวัตน์และสามารถรักษาศรัทธาและความเลื่อมใสของคริสต์ศาสนิกชนคาทอลิกที่มีมากกว่าพันล้านคนทั่วโลก
     แม้ว่านครรัฐวาติกันจะมีพื้นที่เพียงไม่ถึง ๑ ตารางกิโลเมตรและไม่มีผลผลิตใดๆ ไม่ว่าจะเป็นทางการเกษตรหรืออุตสาหกรรม แต่ในด้านเศรษฐกิจนครรัฐวาติกันได้รับการสนับสนุนด้านการเงินจากผู้นับถือคริสต์ศาสนานิกายโรมันคาทอลิกทั่วโลก และมีรายได้จากการลงทุนและอสังหาริมทรัพย์ีอกจำนวนมากนอกเหนือจากรายได้จากการท่องเที่ยว เช่น ค่าเข้าชมพิพิธภัณฑ์ การขายของที่ระลึกและสิ่งพิมพ์ต่าง ๆ อุตสาหกรรมภายในประเทศมีเพียงการผลิตสิ่งพิมพ์ การตัดเย็บเครื่องแบบของเจ้าหน้าที่ และการทำกระเบื้องโมเสกจำนวนไม่มากนัก ส่วนวัสดุอุปกรณ์เครื่องใช้ อาหารการกิน ตลอดจนสาธารณูปโภค เช่น ไฟฟ้า น้ำประปา ก๊าซ ล้วนต้องนำเข้าจากอิตาลี ทั้งสิ้น อย่างไรก็ดี วาติกันก็มีระบบการไปรษณีย์โทรเลขของตนเอง รวมทั้งพิมพ์ดวงตราไปรษณียากรซึ่งมีีสสันและรูปภาพสวยงามเป็นที่นิยมของนักสะสมทั่วโลกและทำรายได้ให้ประเทศจำนวนมาก มีระบบโทรศัพท์ช่องส่งสัญญาณโทรทัศน์ผ่านดาวเทียม รวมทั้งเว็บไซต์และโดเมนในเครือข่ายอินเทอร์เน็ตเป็นของตนเอง สถานีิวทยุวาติกัน (Radio Vatican) เป็นสถานีิวทยุที่มีผู้รับฟังมากที่สุดในยุโรป ส่วนหนังสือพิมพ์ Lû Observatore Romano ซึ่งตีพิมพ์โดยเอกชนก็มีผู้ติดตามอ่านจำนวนมาก เพราะเชื่อกันว่าข่าวสารที่ีตพิมพ์สะท้อนความคิดเห็นของสันตะปาปาเกี่ยวกับสถานการณ์ปัจจุบันของโลก หนังสือพิมพ์ดังกล่าวตีพิมพ์หลายภาษา ฉบับภาษาอิตาลี ออกเป็นประจำทุกวัน ส่วนภาษาอังกฤษสเปน โปรตุเกส เยอรมัน และฝรั่งเศส ออกเป็นรายสัปดาห์ และยังมีฉบับภาษาโปลที่ออกเป็นรายเดือนอีกด้วย วาติกันยังผลิตเหรียญกษาปณ์ขึ้นใช้เองซึ่งปัจจุบันเงินเหรียญวาติกันระบุค่าเป็นยูโร ธนาคารของนครรัฐวาติกันติดตั้งเครื่องฝากถอนเงินสดอัตโนมัติหรือเอทีเอ็มซึ่งเป็นเครื่องเดียวในโลกที่ใช้ภาษาละติน ในด้านการคมนาคม วาติกันไม่มีสนามบินแต่มีที่จอดเฮลิคอปเตอร์ ๑ แห่ง และทางรถไฟยาว๘๕๒ เมตรเชื่อมระหว่างสถานีรถไฟหินอ่อนของวาติกันกับสถานีเซนต์ปีเตอร์ของกรุงโรม แต่ปรกติแล้วทางรถไฟนี้ใช้เพื่อการขนส่งสินค้าเท่านั้น
     จุดเด่นของนครรัฐวาติกันคือ โบสถ์เซนต์ปีเตอร์ โบสถ์คริสต์ศาสนาที่ใหญ่ที่สุดในโลก เชื่อกันว่าที่ตั้งของโบสถ์เป็นที่ที่เซนต์ปีเตอร์ อัครสาวกของพระเยซูถูกจับตรึงกางเขนและฝังไว้ (เมื่อไม่นานมานี้มีการขุดค้นและพบหลุมฝังศพที่มีกระดูกเหลืออยู่ ซึ่งผู้เชี่ยวชาญหลายคนเชื่อว่าเป็นของเซนต์ปีเตอร์) ในคริสต์ศตวรรษที่ ๔จักรพรรดิคอนสแตนตินแห่งจักรวรรดิโรมันได้โปรดให้สร้างขึ้น โบสถ์ในปัจจุบันซึ่งสร้างอย่างงดงามด้วยศิลปะแบบเรอเนซองซ์ (Renaissance) โดยมีสถาปนิกและศิลปินหลายคนรับช่วงงานต่อกันมา เช่น บรามันเต (Bramante) ผู้ออกแบบวางผังคนแรก ราฟาเอล (Raphael) มีเกลันเจโล (Michaelangelo) ซึ่งเป็นผู้ออกแบบก่อสร้างหลังคารูปโดมของโบสถ์ และแบร์นินี(Bernini) ภายในโบสถ์ตกแต่งด้วยหินอ่อน กระเบื้องโมเสก ภาพเขียนปูนเปียกทั้งตามฝาผนังและเพดาน ตลอดจนรูปปั้นรูปแกะสลักที่งดงามมากมายงานศิลปะที่ได้รับการกล่าวขวัญและชื่นชมมากได้แก่ รูปสลักหินอ่อนปี เอตา (La Pieta) ีฝมือมีเกลันเจโลซึ่งเป็นรูปพระแม่มารีโอบอุ้มร่างพระเยซูไว้บนตัก และเก้าอี้เซนต์ปีเตอร์ (The Chair of Saint Peter)ผลงานออกแบบซุ้มแท่นบูชาศิลปะแบบบาโรก (baroque) ของแบร์นินี โบสถ์เซนต์ปีเตอร์เป็นที่ฝังพระศพนักบุญ สันตะปาปา กษัตริย์ พระราชินี และเจ้าชายหลายพระองค์ ด้านหน้าโบสถ์คือจัตุรัสเซนต์ปีเตอร์ ลักษณะเป็นลานรูปวงรี ล้อมด้วยระเบียงทางเดินคล้ายศาลารายที่มีเสากลมเรียงเป็นแนวรวมทั้งหมด ๒๘๐ ต้น ระเบียงทางเดินนี้นับเป็นผลงานชิ้นเอกของแบร์นินีที่สร้างความสง่างามสมบูรณ์แบบให้แก่ตัวโบสถ์เซนต์ปีเตอร์ มีผู้เปรียบว่าแนวระเบียงรูปโค้งครึ่งวงกลมที่โอบยื่นออกไปทั้ง ๒ด้านนี้เป็นประดุจสองแขนที่อ้าออกต้อนรับมนุษยชาติทุกผู้ทุกคนเข้าสู่อ้อมกอดอันเดียวกัน
     ส่วนพระราชวังวาติกันซึ่งปัจจุบันเป็นที่ประทับและที่ต้อนรับบุคคลสำคัญที่มาเยือนของสันตะปาปา ตัวอาคารมีผังเป็นรูปคล้ายอักษรแอล (L) ขนาดใหญ่กินเนื้อที่ถึง ๕๔,๖๓๕.๕ ตารางเมตร มีห้องประมาณ ๑,๐๐๐ ห้อง บางส่วนเป็นพิพิธภัณฑ์ที่เก็บสะสมศิลปสมบัติสมัยต่าง ๆ ตั้งแต่ีอยิปต์ กรีก อีทรัสกัน โรมันสมัยกลาง สมัยฟื้นฟูศิลปวิทยา จนถึงสมัยใหม่ ห้องแสดงภาพ ห้องสะสมแผนที่จารึก และห้องสมุด ห้องสมุดของวาติกันก่อตั้งมาตั้งแต่คริสต์ศตวรรษที่ ๑๕นับว่าเป็นห้องสมุดสาธารณะที่เก่าแก่ที่สุดในยุโรป ปัจจุบันมีหนังสือมากกว่า ๑ล้านเล่ม หนังสือตัวเขียน (manuscript) ประมาณ ๙๐๐,๐๐๐ เล่ม และหนังสือตัวพิมพ์รุ่นแรกอีกประมาณ ๗,๐๐๐ เล่ม
     ส่วนของพระราชวังวาติกันด้านที่ติดกับโบสถ์เซนต์ปีเตอร์คือ วิหารซิสทีน(Sistine Chapel) ซึ่งเป็นห้องสี่เหลี่ยมผืนผ้า กว้าง ๑๓ เมตร ยาว ๔๐ เมตรสูง ๒๐ เมตร เริ่มสร้างใน ค.ศ. ๑๔๗๓ ตามพระบัญชาของสันตะปาปาซิกซ์ตัสที่ ๔(Sixtus IV ค.ศ. ๑๔๗๑-๑๗๘๔) แล้วเสร็จใน ค.ศ. ๑๔๘๐ วิหารเล็กๆ นี้นอกจากจะเป็นที่ประกอบพิธีที่สำคัญยิ่ง คือ การเลือกตั้งสันตะปาปาแล้วยังเป็นจุดดึงดูดผู้สนใจงานศิลปะจากทุกมุมโลก เนื่องจากทั่วทั้งผนังและเพดานของวิหารล้วนเป็นภาพเขียนสีปูนเปียก (fresco) แสดงภาพเหตุการณ์จากคัมภีร์ไบเบิลทั้งภาคพันธสัญญาเก่าและภาคพันธสัญญาใหม่ โดยศิลปินเอกหลายคนและจากหลายสมัยทุกภาพล้วนงดงามและยิ่งใหญ่จนประมาณค่ามิได้ โดยเฉพาะภาพเขียนฝีมือมีเกลันเจโลบนเพดานวิหารที่แสดงภาพการก่อกำเนิด (The Creation) โดยเรียงลำดับเหตุการณ์ตั้งแต่การแบ่งแยกความมืดและความสว่าง การสร้างดวงอาทิตย์ดวงจันทร์และพืชพันธุ์ การสร้างมนุษย์ การขับอาดัมและอีฟจากสวนสวรรค์ จนถึงเหตุการณ์น้ำท่วมโลก และภาพการพิพากษาครั้งสุดท้าย (The Last Judgment) ที่อยู่บนผนังด้านหลังแท่นบูชา
     นครรัฐวาติกันนอกจากจะมีฐานะเป็นประเทศเช่นเดียวกับประเทศอธิปไตยทั่วไปแล้ว ยังมีอีกสถานภาพหนึ่งคือเป็นศูนย์กลางการปกครองของคริสต์ศาสนจักรโรมันคาทอลิก จึงมีชื่อเรียกอีกอย่างหนึ่งว่า อาณาจักรอันศักดิ์สิทธิ์ สันตะปาปาทรงเป็นประมุขที่มีอำนาจสิทธิ์ ขาดในการปกครองทั้งในทางอาณาจักรและศาสนจักรรวมทั้งเป็นผู้แต่งตั้งผู้ดำรงตำแหน่งสำคัญทุกตำแหน่ง สันตะปาปาเป็นตำแหน่งที่มาจากการเลือกตั้ง โดยมีวาระตลอดพระชนม์ชีพ ผู้มีสิทธิออกเสียงเลือกตั้งสันตะปาปาต้องเป็นคาร์ดินัลที่มีอายุตำกว่ ่า ๘๐ ปี ที่มาประชุมกันเพื่อการนี้ ณ วิหารซิสทีน การเลือกตั้งใช้วิธีให้ผู้มีสิทธิออกเสียงทั้งหมดเขียนชื่อผู้ที่ตนเห็นสมควรดำรงตำแหน่งสันตะปาปาลงในกระดาษมอบให้ประธานการเลือกตั้ง ผู้ที่ได้รับคะแนนเสียงสนันสนุนมากกว่า ๒ ใน ๓ ของผู้มาประชุมและตอบรับว่าจะดำรงตำแหน่งจะเป็นสันตะปาปาองค์ใหม่อย่างเป็นทางการในทันทีแต่หากไม่มีผู้ได้คะแนนเสียงถึงเกณฑ์ที่กำหนด หรือมีผู้ได้รับคะแนนเสียงแต่ปฏิเสธการรับตำแหน่ง ก็จะต้องดำเนินการเลือกตั้งใหม่ตามวิีธเดิม ระหว่างการเลือกตั้งนี้ คาร์ดินัลที่มาประชุมทุกท่านจะต้องอยู่ภายในห้องประชุมที่ปิดสนิท ไม่สามารถออกมาได้จนกว่าการเลือกตั้งจะเสร็จสิ้นจากนั้น สันตะปาปาองค์ใหม่จะออกมาปรากฏพระองค์ต่อหน้า คริสต์ศาสนิกชนคาทอลิก
     ที่มารอเฝ้าอยู่ที่ลานโบสถ์เซนต์ปีเตอร์ ในเครื่องแต่งกายประจำตำแหน่งสันตะปาปาเพื่อประทานพร การเลือกตั้งครั้งล่าสุดกระทำเมื่อวันที่ ๑๙ เมษายนค.ศ. ๒๐๐๕ หลังการสิ้นพระชนม์ของสันตะปาปาจอห์น ปอลที่ ๒ ผู้ได้รับเลือกคือคาร์ดินัลโยเซฟ รัทซิงเงอร์ (Joseph Ratzinger) ชาวเยอรมันและทรงใช้พระนามสันตะปาปาเบเนดิกต์ที่ ๑๖ (Benedict XVI)
     สันตะปาปาทรงบริหารกิจการภายในนครรัฐผ่านทางผู้ว่าการ (Governor)ซึ่งทำหน้าที่เสมือนหัวหน้าคณะรัฐบาล ส่วน “คณะรัฐมนตรี” คือคณะกรรมาธิการของสันตะปาปา (Pontificial Commission for the State of Vatican City) ซึ่งอยู่ในตำแหน่งวาระละ ๕ ปี ส่วนการบริหารคริสต์ศาสนจักรนั้นทรงดำเนินการผ่านทางสภาบริหารที่เรียกว่า สำนักงานบริหารศาสนจักรส่วนกลาง (Roman Curia) มีเลขาธิการแห่งรัฐ (Secretary of State) เป็นประธาน สภานี้ประกอบด้วยสภาย่อยที่มีหน้าที่รับผิดชอบเฉพาะด้าน เช่น สภากิจการบิชอป (Congregation forBishops) มีหน้าที่ประสานงานด้านการแต่งตั้งบิชอปทั่วโลก สภาเผยแพร่คริสต์ศาสนา(Congregation for the Evangelization of People) ทำหน้าที่ควบคุมดู แลงานของมิชชันนารีทั้งหมด สภาแห่งสันตะปาปาว่าด้วยความยุติธรรมและสันติภาพ(Pontifical Council for Justice and Peace) มีหน้าที่เกี่ยวกับการสนับสนุนสันติภาพของโลก รวมทั้งงานด้านสังคมต่าง ๆ
     เลขาธิการแห่งรัฐยังมีหน้าที่รับผิดชอบงานด้านการต่างประเทศด้วย เนื่องจากความสัมพันธ์ทางการทู ตกับประเทศต่าง ๆ กระทำในนามอาณาจักรศักดิ์สิทธิ์มิใช่นครรัฐวาติกัน การแลกเปลี่ยนผู้แทนทางการทู ตเช่นนี้เริ่มมาตั้งแต่คริสต์ศตวรรษที่ ๑๖ ในปัจจุบันมีทู ตานุทู ตจากนานาประเทศมากกว่า ๑๗๐ ประเทศรวมทั้งสหภาพยุโรป (European Union) ประจำนครรัฐวาติกัน อย่างไรก็ดี มีบางประเทศใช้วิธีถวายสาส์นตราตั้งสองประเทศ (dual accreditation) โดยถวายต่อสันตะปาปาและประมุขของอีกประเทศหนึ่ง แต่ต้องไม่ใช่ประเทศอิตาลี ทั้งนี้เพราะนครรัฐวาติกันไม่ยอมรับการถวายสาส์นตราตั้งสองประเทศจากทู ตที่มาประจำประเทศอิตาลี อย่างไรก็ดี เนื่องจากพื้นที่อันจำกัดของวาติกันทำให้สถานทูตของทุกประเทศต้องตั้งอยู่ในกรุงโรมส่วนที่เป็นดินแดนของอิตาลี รวมทั้งสถานทู ตของอิตาลี เองด้วย ส่วนอาณาจักรศักดิ์สิทธิ์ ก็ส่งอัครสมณทูต (nuncio - มีฐานะเทียบเท่าเอกอัครราชทูต) และสมณทูต (internuncio - เทียบเท่าอัครราชทูตผู้มี
     อำนาจเต็ม) ไปประจำประเทศต่าง ๆ รวม ๑๐๖ ประเทศ นอกจากนี้ วาติกันยังมีความสัมพันธ์กับองค์การระหว่างประเทศหลายแห่งทั้งในฐานะสมาชิกและผู้สังเกตการณ์ ใน ค.ศ. ๒๐๐๓ เมื่อเกิดเหตุการณ์ที่สหรัฐอเมริกาบุกโจมตีอิรักอาณาจักรศักดิ์สิทธิ์ ก็แสดงบทบาทผู้รักสันติโดยการส่งคาร์ดินัลโรเช เอเชอกาแร (RogerEtchegaray) รองประธานคณะคาร์ดินัล (Vice-Dean of the College of Cardinals)ซึ่งเป็นคาร์ดินัลที่มีชื่อเสียงเป็นทูตไปเจรจายังกรุงวอชิงตันดี.ซี. เพื่อโน้มน้าวให้รัฐบาลสหรัฐอเมริกายุติการก่อสงคราม
     ในปั จจุบันประชากรที่พำนักอยู่ในวาติกันมีจำนวนไม่ถึง ๑,๐๐๐ คน(ค.ศ. ๒๐๐๕) ส่วนใหญ่เป็นนักบวช ทั้งผู้มีสมณศักดิ์ บาทหลวงทั่วไป และแม่ชีบุคคลเหล่านี้ไม่ได้ถือสัญชาติวาติกันทั้งหมด ในปลาย ค.ศ. ๒๐๐๓ มีผู้ถือสัญชาติวาติกันเพียง ๕๕๒ คนส่วนใหญ่จะมี ๒ สัญชาติคือถือสัญชาติเดิมของตนไปพร้อม ๆกับสัญชาติวาติกัน ส่วนเจ้าหน้าที่และคนงานที่ปฏิบัติงานต่าง ๆ ที่เป็นฆราวาสอีกประมาณ ๓,๐๐๐ คนมีที่พำนักอาศัยอยู่ในกรุงโรม มาตรฐานการครองชีพและรายได้ของประชากรที่เป็นฆราวาสเหล่านี้เท่าเทียมกับบุคคลที่มีอาชีพและสถานภาพเดียวกันในประเทศอิตาลี อย่างไรก็ดี การที่วาติกันมีประชากรน้อยมากแต่มีนักท่องเที่ยวเข้ามาเยี่ยมเยือนปี ละหลายล้านคน ทำให้สถิติอาชญากรรมต่อจำนวนประชากรของที่นี่สูงที่สุดในโลกและสูงกว่าของประเทศอิตาลี ถึง ๒๐ เท่า ส่วนใหญ่เป็นการฉกชิงวิ่งราวและล้วงกระเปÜ า ร้อยละ ๙๐ยังไม่สามารถจับตัวผู้กระทำผิดได้นครรัฐวาติกันมีกำลังรักษาความปลอดภัย (security corps) ทำหน้าที่รักษาความสงบเรียบร้อยทั่วไป และยังมีกองทหารองครักษ์สันตะปาปาซึ่งเป็นทหารอาสาสมัครชาวสวิส ในเครื่องแบบสีทอง น้ำเงินสด และแดง ดูโดดเด่นสะดุดตากล่าวกันว่ามีเกลันเจโล ศิลปินเอกของอิตาลี สมัยฟื้นฟูศิลปวิทยาเป็นผู้ออกแบบนับเป็นเครื่องแบบทหารที่สร้างสีสันและความโดดเด่นอีกประการหนึ่งให้แก่นครรัฐที่เล็กที่สุดแห่งนี้ของโลก.